1902 De retour en France, il est nommé, le 1er octobre, au commandement du 14ème Régiment de Hussards à Alençon.

1903 Il prend ses fonctions à Alençon le 1er janvier. Il s’y ennuie et ne parvient pas à assouvir sa soif d’action. Il publie en mai un livre technique bien accueilli : "Dans le Sud de Madagascar : pénétration militaire, situation politique et économique (1900-1902)”.
Convoqué d’urgence à Paris le 9 septembre, il y apprend sa nomination le lendemain au commandement des troupes d’Infanterie non embrigadées de la Division d’Oran et de la subdivision d’Aïn Sefra. Lyautey part donc précipitamment pour l’Algérie où le Gouverneur Jonnart, qui recherchait un officier de valeur pour rétablir la situation dégradée à la frontière algéro-marocaine, a obtenu son affectation. Lyautey lui avait été présenté par Jules Charles-Roux, homme très influent, dont il avait fait la connaissance en 1891.
Il est à pied d’oeuvre le 1er octobre et reçoit ses étoiles de Général de Brigade le 9 octobre. Il pacifie les confins algéro-marocains, et écrit ses "Lettres du sud-oranais".

Lyautey bientôt général de brigade à Aïn Sefra (1903)

1906 Le 9 décembre, il est nommé commandant par intérim de la Division d'Oran.

1907 Le 30 juillet, Lyautey est promu Général de Division et maintenu à Oran. Envoyé en mission d'inspection, du 3 au 25 octobre, à Rabat auprès du Corps d'occupation du Général d'Amade. Il écrit ses "Lettres de Rabat".

1908 Deuxième mission de Lyautey au Maroc du 14 mars au 11 avril. Tout en gardant son commandement à Oran, il est nommé Haut-Commissaire de France pour les confins algéro-marocains.

1909 Mariage du Général Lyautey à Paris, le 14 octobre, avec Inès de Bourgoing, de neuf ans sa cadette, fille du colonel Philippe de Bourgoing, Grand Ecuyer de Napoléon III et veuve du colonel Fortoul, fils d’un ministre de Napoléon III. Depuis son veuvage en 1900, Inès de Bourgoing filleule de l’Impératrice Eugènie, menait des actions du type “Infirmières sans frontières”. Elle partagera avec Lyautey sa conception de l’action coloniale et se dévouera sans compter dans le domaine social et sanitaire, au point que Lyautey parlait d’elle comme étant son “meilleur collaborateur”.

(voir la biographie de Madame Lyautey dans l'article suivant)

1910 Le 20 décembre, il est nommé au commandement du Xème Corps d'Armée à Rennes.

1912 Après la signature, le 30 mars, du traité de protectorat avec le Maroc (traité de Fès), il est nommé, le 28 avril, Commissaire Résident Général de la République Française au Maroc.

Lyautey débarque à Casablanca  du croiseur "Jules Ferry" le 13 mai et commence son oeuvre de pacification et d'organisation du pays.
Dans une conjoncture parfois difficile, souvent en désaccord avec le gouvernement, il va faire des merveilles. Tout à la fois, pacificateur, bâtisseur, négociateur, administrateur, il jette les bases du Maroc moderne tout en respectant son Sultan, ses traditions, sa religion, son patrimoine culturel et architectural. Clairvoyant, Lyautey, le Résident Général va doter le Maroc des infrastructures indispensables pour son évolution économique et sociale avec le dessein avoué de l'amener à son indépendance dans les meilleures conditions.
Le 31 octobre, le Résident Général est élu à l'Académie Française, où, en raison de la Grande Guerre, il ne sera reçu que le 8 juillet 1920.

1913 Le 17 septembre, il est élevé à la dignité de Grand Croix de la Légion d’Honneur. En octobre, il effectue une mission officielle auprès du Roi d'Espagne Alphonse XIII et écrit son "Voyage en Espagne".

1914 Le 10 mai, grâce aux opérations menées, c’est la liaison de Taza, c’est à dire la jonction entre le Maroc et l’Algérie.
Apprenant la déclaration de guerre avec l’Allemagne, Lyautey s'exclame: "Ils sont fous, complètement fous, une guerre entre Européens est une guerre civile".

Il aurait aimé recevoir un grand commandement sur le front en France, mais il est maintenu au Maroc.

1915 La Médaille Militaire lui est décernée par arrêté du 15 septembre. Elle lui sera remise sur le front des troupes à Sidi Lamine le 12 octobre 1915.

1916 Appelé par Aristide Briand, soucieux de créer un choc psychologique en raison du prestige dont il jouit, Lyautey est nommé Ministre de la Guerre, le 12 décembre, et remplacé pendant son absence du Maroc par le Général Gouraud qui assume les fonctions de Résident Général en parfaite harmonie avec l'esprit qui animait Lyautey. Il tente d'organiser un Haut-Commandement interallié avec un chef unique et il s'oppose sans succès au projet de l'offensive de Nivelle au Chemin des Dames dont il prévoit le dramatique échec.

1916 Lyautey ministre de la Guerre visite des blessés